意外伤害合作医疗报销比例是50%。意外伤害住院费用可补偿部分,按相应定点医疗机构疾病补偿标准的50%比例补偿。但是不支付工伤、第三方侵权造成的意外伤害医疗费用,因为本人意愿或者不可抗力因素造成的意外伤害的治疗费用,按照疾病医疗相同的报销比例报销。
法律依据

《社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用,按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分,由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度,方便参保人员享受基本医疗保险待遇。