医保甲类药物和乙类药物的区别包括：1、报销比例不同。甲类药物费用由医疗保险基金全部报销，乙类药物费用由参保人承担部分，剩下部分由医疗保险基金报销。
2、概念不同。甲类药物是指全国基本统一、能保证临床治疗最基本需要的药物。乙类药物是可供临床治疗选择使用，疗效确切、同类药品中比“甲类药品”价格或治疗费用相对略高的药品。3、价格不同。甲类药物同类药品中价格较低，由国家统一制定，各地不得调整；乙类药物同类药品中比甲类药物价格略高，由国家制定，各省、市、区根据当地经济水平、医疗需求和用药习惯适当进行调整。4、标记不同。甲类药和乙类药都是属于非处方类药品，并且拥有特有标志OTC，甲类药OTC标识为红色标记，而乙类药OTC标识为绿色标记。5、销售渠道不同。甲类药必须在药店出售，而乙类药除了可以在药店出售，还可在药监部门批准的宾馆、商店的商业企业中零售。
6、其他。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。《社会保险法实施条例》第八条参保人员在协议医疗机构发生的医疗费用，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。参保人员确需急诊、抢救的，可以在非协议医疗机构就医；因抢救必须使用的药品可以适当放宽范围。参保人员急诊、抢救的医疗服务具体管理办法由统筹地区根据当地实际情况制定。
