公诉人对于搜查中形成的笔录存在争议的,处理方式为公诉人可以建议合议庭通知调查人员、侦查人员以及搜查活动的见证人出庭陈述有关情况,合议庭一般会予以同意。 法律依据 《人民检察院刑事诉讼规则》第四百一十三条
对于搜查、查封、扣押、冻结、勘验、检查、辨认、侦查实验等活动中形成的笔录存在争议,需要调查人员、侦查人员以及上述活动的见证人出庭陈述有关情况的,公诉人可以建议合议庭通知其出庭。
《刑事诉讼法》第一百三十六条
为了收集犯罪证据、查获犯罪人,侦查人员可以对犯罪嫌疑人以及可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关的地方进行搜查。