境外非政府组织申请登记设立代表机构应当经谁同意才行

境外非政府组织申请登记设立代表机构应当经业务主管单位才行。国务院公安部门和省级人民政府公安机关是境外非政府组织在中国境内开展活动的登记管理机关，国务院有关部门和单位、省级人民政府有关部门和单位是境外非政府组织在中国境内开展活动的相应业务主管单位。

法律依据

《境外非政府组织境内活动管理法》第九条

境外非政府组织在中国境内开展活动，应当依法登记设立代表机构；未登记设立代表机构需要在中国境内开展临时活动的，应当依法备案。境外非政府组织未登记设立代表机构、开展临时活动未经备案的，不得在中国境内开展或者变相开展活动，不得委托、资助或者变相委托、资助中国境内任何单位和个人在中国境内开展活动。

第十一条

境外非政府组织申请登记设立代表机构，应当经业务主管单位同意。业务主管单位的名录由国务院公安部门和省级人民政府公安机关会同有关部门公布。