可以的，制药工程专业可以考药师，但需要满足相应的工作年限，制药工程专业属于药师报考条件中的相关专业。
凡中华人民共和国公民和获准在我国境内就业的其他国籍的人员且具备下列条件之一者，均可申请参加执业药师资格考试：
1、取得药学、中药学或相关专业中专学历，从事药学或中药学专业工作满七年。
2、取得药学、中药学或相关专业大专学历，从事药学或中药学专业工作满五年。
3、取得药学、中药学或相关专业大学本科学历，从事药学或中药学专业工作满三年。
4、取得药学、中药学或相关专业第二学士学位、研究生班毕业或取得硕士学位，从事药学或中药学专业工作满一年。
5、取得药学、中药学或相关专业博士学位。