刑法中关于变造公司债券罪的立案规定是:行为人变造公司、企业债券,总面额在五千元以上的,应予立案追诉。对于犯此罪的行为人,应处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处一万元以上十万元以下罚金;数额巨大的,处三年以上十年以下有期徒刑,并处二万元以上二十万元以下罚金。
法律依据
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》第三十三条
伪造、变造股票或者公司、企业债券,总面额在五千元以上的,应予立案追诉。《刑法》第一百七十八条伪造、变造股票或者公司、企业债券,数额较大的,处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处一万元以上十万元以下罚金;数额巨大的,处三年以上十年以下有期徒刑,并处二万元以上二十万元以下罚金。