非法营运的管理部门包括行业主管部门交通部门和综合管理部工商部门。两者各部门都有行政处罚权。对班线车辆和旅游车辆的管理依据是国务院的授权,由交通部门的运管机构具体负责管理,对出租车的管理一般属于交通部门委托运管机构管理。
法律依据

《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条违反本条例的规定,未取得道路运输经营许可,擅自从事道路运输经营的,由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营;有违法所得的,没收违法所得,处违法所得2倍以上10倍以下的罚款;没有违法所得或者违法所得不足2万元的,处3万元以上10万元以下的罚款;构成犯罪的,依法追究刑事责任。