员工上班迟到被扣工资不合法,但是因劳动者的原因造成公司损失可扣除工资,每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。有下列情况之一的,用人单位可以代扣劳动者工资:用人单位代扣代缴的个人所得税;用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;其他。
法律依据
《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的,用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿,可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准,则按最低工资标准支付。