经营异常的公司注销后没有不利影响。经营异常的公司不能直接注销,需要先进行公司异常解除后,才能办理公司注销。注销公司需要进行清算,公司清算结束后,清算组应当制作清算报告,报股东会、股东大会或者人民法院确认,并报送公司登记机关,申请注销公司登记,公告公司终止。
法律依据

《公司法》 第一百八十八条公司清算结束后,清算组应当制作清算报告,报股东会、股东大会或者人民法院确认,并报送公司登记机关,申请注销公司登记,公告公司终止。《中华人民共和国民法典》 第六十八条有下列原因之一并依法完成清算、注销登记的,法人终止:(一)法人解散;

(二)法人被宣告破产;(三)法律规定的其他原因。法人终止,法律、行政法规规定须经有关机关批准的,依照其规定。