法院不受理政府主导的企业改制纠纷的,应当由政府有关部门按照企业改制的政策规定统筹解决,因为政府主导的企业改制纠纷本来就不是人民法院的受案范围。法院受理平等民事主体间在企业产权制度改造中发生的民事纠纷案件。
法律依据
《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》 第一条

人民法院受理以下平等民事主体间在企业产权制度改造中发生的民事纠纷案件:(一)企业公司制改造中发生的民事纠纷;(二)企业股份合作制改造中发生的民事纠纷;

(三)企业分立中发生的民事纠纷;(四)企业债权转股权纠纷;(五)企业出售合同纠纷;(六)企业兼并合同纠纷;(七)与企业改制相关的其他民事纠纷。