三年不同居可以协议离婚或者诉讼离婚。讼离婚的,一方携带起诉状以及证明夫妻感情破裂的证据材料到被告住所地的人民法院提起离婚诉讼;协议离婚的,双方亲自到婚姻登记机关办理离婚手续,离婚冷静期期限过了的,发给离婚证。
法律依据
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的,应当签订书面离婚协议,并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。《中华人民共和国民法典》 第一千零七十八条婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚,并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的,予以登记,发给离婚证。