超过法定羁押期限的处理是:发现看守所没有报告超期羁押的,立即向看守所提出纠正意见;发现同级办案机关超期羁押的,立即报经本院检察长批准,向办案机关发出纠正违法通知书;发现上级办案机关超期羁押的,及时层报上级办案机关的同级人民检察院等。
法律依据
《人民检察院看守所检察办法》第十六条纠正超期羁押的程序:(一)发现看守所没有报告超期羁押的,立即向看守所提出纠正意见;
(二)发现同级办案机关超期羁押的,立即报经本院检察长批准,向办案机关发出纠正违法通知书;(三)发现上级办案机关超期羁押的,及时层报上级办案机关的同级人民检察院;(四)发出纠正违法通知书后五日内,办案机关未回复意见或者仍然超期羁押的,报告上一级人民检察院处理。