非法制造危险物质罪应作以下处罚:
1、犯非法制造危险物质罪的,一般处以三年以上十年以下有期徒刑;2、如果存在严重犯罪情节的,处十年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑;3、单位犯本罪则对其处以罚金,并对其直接责任人员处以本罪个人犯相应的刑罚。
法律依据
《刑法》第一百二十五条
非法制造、买卖、运输、邮寄、储存枪支、弹药、爆炸物的,处三年以上十年以下有期徒刑;情节严重的,处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质,危害公共安全的,依照前款的规定处罚。单位犯前两款罪的,对单位判处罚金,并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员,依照第一款的规定处罚。