传染病菌种扩散罪的立案标准是这样规定的:从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种的人员,违反国务院卫生行政部门的有关规定,造成传染病菌种扩散,涉嫌导致甲类和按甲类管理的传染病传播的,或者导致乙类、丙类传染病流行、暴发的,或者造成人员重伤或者死亡的,应予立案追诉。
法律依据
《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》第五十条从事实验、保藏、携带、运输传染病菌种、毒种的人员,违反国务院卫生行政部门的有关规定,造成传染病菌种、毒种扩散,涉嫌下列情形之一的,应予立案追诉:(一)导致甲类和按甲类管理的传染病传播的;(二)导致乙类、丙类传染病流行、暴发的;
(三)造成人员重伤或者死亡的;(四)严重影响正常的生产、生活秩序的;(五)其他造成严重后果的情形。