刑事案件手机扣押取证多久归还要分两种情况:

1.如果手机与本案没有关系的情况,一般公安机关在三天之内就会将没收的手机进行归还;2.如果手机中有本案所需要的东西,一般要等到案件结束之后才归还。
法律依据
《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百三十三条对查封、扣押的财物、文件、邮件、电子邮件、电报,经查明确实与案件无关的,应当在三日以内解除查封、扣押,退还原主或者原邮电部门、网络服务单位;原主不明确的,应当采取公告方式告知原主认领。在通知原主或者公告后六个月以内,无人认领的,按照无主财物处理,登记后上缴国库。