三个月的孩子离婚的时候抚养权一般归女方所有。因为法院判决孩子抚养权的原则是最有利于孩子,一般情况下,三个月大的孩子由女方抚养对孩子更有利。但是如果女方有严重疾病或其他不利于抚养孩子的情况的,可以由男方抚养孩子。
法律依据
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释(一)》 第四十四条离婚案件涉及未成年子女抚养的,对不满两周岁的子女,按照民法典第一千零八十四条第三款规定的原则处理。母亲有下列情形之一,父亲请求直接抚养的,人民法院应予支持:(一)患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病,子女不宜与其共同生活;(二)有抚养条件不尽抚养义务,而父亲要求子女随其生活;(三)因其他原因,子女确不宜随母亲生活。