停业整顿期间擅自经营处理如下:价格主管部门可以申请人民法院强制执行,同时可以提请公安部门给予处罚,构成犯罪的向公安机关移送,依法追究刑事责任。
法律依据

《行政处罚法》第十一条经营者阻挠、妨碍价格主管部门落实停业整顿处罚决定的,价格主管部门可以提请公安部门给予处罚;涉嫌构成犯罪,依法需要追究刑事责任的,依照《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》向公安机关移送。《责令价格违法经营者停业整顿的规定》第十二条价格违法经营者拒绝履行停业整顿处罚决定继续营业的,价格主管部门可以申请人民法院强制执行。停业整顿日期从法院强制执行生效之日起计算。