当事人申请法院整体回避如何处理

当事人申请法院整体回避的，则应当就该案件更换法院进行管辖。根据《刑事诉讼法》的相关规定，上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十六条

几个同级人民法院都有权管辖的案件，由最初受理的人民法院审判。在必要的时候，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。

第二十七条

上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。

第二十八条

专门人民法院案件的管辖另行规定。