1、主体不同，非法行医罪的主体是不具有医师执业资格的人，而医疗事故罪的主体是医务人员。
2、主观方面不同，非法行医罪行为人对造成就诊人死亡或严重损害所持的心理态度，既可以是过失，也可以是间接故意，而医疗事故罪只能是过失。
3、客观方面不同，非法行医罪造成就诊人死亡或身体健康严重后果的原因既可以表现为责任过失，也可以是技术过失，而医疗事故罪则仅限于责任过失，技术过失不构成犯罪。
法律依据
《刑法》第三百三十五条
医疗事故罪是指医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
《刑法》第三百三十六条
非法行医罪是指未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。