1、犯罪主体不完全相同。三者均为一般主体，但刑事责任年龄的要求不同，构成非法持有毒品罪和运输毒品罪的年龄必须年满16周岁，而贩卖毒品罪则为14周岁。
2、主观方面，故意的内容不同，贩卖、运输毒品的目的明确。而非法持有毒品的动机、目的却多种多样，没有限定。
3、客观方面，所谓持有，是指行为人对毒品事实上的支配和管领，同时，持有是一种持续行为，时间的长短不影响持有的成立，只作为量刑的情节考虑，但如果时间过短，不足以说明行为人事实上支配和管领毒品时，则不能认定是持有。而贩卖、运输毒品罪客观方面除了这一特征外，还必须有贩卖或为了贩卖而购进、运输毒品的行为特征。
法律依据
《中华人民共和国刑法》第三百四十八条
非法持有毒品罪可知，持有甲基苯丙胺（冰毒）十克以上即构成非法持有毒品罪。
《中华人民共和国刑法》《刑法》第三百四十七条
走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。