1、工资开支来源：正式编制人员工资由财政拨款解决；合同制人员工资由单位预算外收入中解决。
2、福利待遇：正式编制人员的福利待遇按政策规定及上级部门规定执行；合同制人员参照正式编人员标准执行，但实际上低很多或缺项。
3、正式编人员可以在事业单位之间调动；合同制人员不能。
4、正式编制人员可以提任副科级职务；合同制人员不可以。事业单位聘任制干部是没有编制的，类似于合同制职工，但福利待遇肯定是按照事业单位的，如果是公务员单位里的聘任制，如法院的聘任制书记员职位，那是按照公务员的待遇。
5、合同制人员随时会被辞退；正式编制人员如无错误必须要工作满合同年限才能辞退。正式编制人员一般一签就是3到5年的工作时间。
6、正式编制人员需要每年去人事局缴纳人事代理费用；合同制人员不用。
事业单位聘用制是指事业单位直接和工作人员签订聘用合同，来确定双方聘用关系，明确双方权利、责任、义务的一种人事管理制度。
临时工就是事业单位中没有在编制内人员，这些职工大多是通过劳务派遣的方式，来签订劳动合同的。