公办专科的毕业证含金量要民办专科院校的高一些。

公办专科院校整体办学条件以及教学质量都要比民办专科好一些，认可度也较好，所以建议报考公办专科院校。但是民办专科院校也是教育部公示的正规院校，有些院校的办学质量也在不断改善。