安徽大学拥有独立设校的磬苑校区和联合办学的南校区两个校区。

其中磬苑校区位于安徽省合肥市蜀山区，占地面积近2000亩，拥有完备的教学、科研和生活设施；南校区位于安徽省合肥市包河区，由安徽大学与中国农业大学共建，占地约1000亩。