南京最好的高中有：1、南京师范大学附属中学，简称“南师附中”，位于南京市鼓楼区。

2、金陵中学，简称“金中”，位于南京市鼓楼区，是南京市教育局直属公办高中。

3、南京一中，位于南京市秦淮区，是国家级示范高中。

4、南京市二十九中学，位于南京市鼓楼区；2001年被确认为国家级示范高中。

5、中华中学，于2002年被评为国家级示范高中。

6、南京市第十三中学，简称“南京十三中”，位于南京市玄武区。以上高中是南京深入人心的“六大”高中，近两年，又有家长提出了一个“八大”的概念，新增的两个高中一是南京市第九中学，有95年的办学历史。另一个是南师附中秦淮科技高中，依托南师附中本部办学，由葛军校长兼任校长。