针对民办本科学费改革方案，建议采取以下措施：首先，政府应加强对民办高校的财政支持，减轻学生负担。

其次，实行学费分级制度，根据学校教学质量、专业热门程度等因素调整学费标准。再次，鼓励社会捐赠和设立奖学金，为经济困难学生提供资助。最后，加强监管，确保学费公开透明，防止乱收费现象。通过这些措施，既能保障民办高校健康发展，又能维护学生权益。