巢湖市目前有两所公办的本科院校：

1. 巢湖学院：位于安徽省合肥市巢湖市，是一所综合性全日制普通本科高校。

学校设有15个二级学院；48个本科专业，涵盖经、法、教、文、史、理、工、农、管、艺等十大学科门类。

2. 安徽公安职业学院：位于安徽省合肥市巢湖市，是安徽省公安厅主管的全日制公安高等院校，主要承担公安本、专科教育及在职民警培训任务。