惠州市目前共有两所公办本科院校。

分别是惠州学院和广东医科大学惠州校区。惠州学院，位于广东省惠州市，是广东省属全日制普通高等学校，创建于1946年，前身为粤秀中学，1978年升格为惠阳师范专科学校；2000年升格为全日制普通本科高校，更名为惠州学院。广东医科大学惠州校区，是广东医科大学在惠州市设立的一个分校区，成立于2016年，主要提供医学类本科专业教育。