东莞市共有两所公办大学，分别是东莞理工学院和广东医科大学。

东莞理工学院成立于1992年，是广东省重点支持的高水平理工科大学之一。广东医科大学则是一所具有悠久历史的医学类院校，前身为创建于1958年的中山医学院湛江分院。这两所大学为东莞乃至全国培养了大批高素质人才，对当地经济社会发展做出了重要贡献。