民办本科院校主要可以分为两类：一类是独立学院，这类院校通常由普通高校与社会资本合作创办，依托母体高校的教育资源和管理经验；另一类是民办普通高校，完全由社会组织或个人投资建立，自主办学。

这两类院校在招生、教学、管理等方面均具有相对独立性，但均需遵循国家教育法规和政策，接受教育行政部门的监督和指导。