温州市共有两所本科院校，分别是温州大学和温州医科大学。

温州大学（Wenzhou University）是浙江省重点建设的综合性大学，拥有多个学科门类，包括经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等。学校注重国际化教育，与多个国家和地区的高校建立了合作关系。温州医科大学（Wenzhou Medical University）是一所以医学为特色的高等学府，其前身是创办于1912年的浙江医学专门学校。该校在眼视光学、临床医学等领域具有较高的教学和科研水平，并与海外多所大学建立了学术交流关系。