菏泽市共有两所本科院校，分别是菏泽学院和菏泽医学专科学校。

菏泽学院是一所综合性全日制普通本科高校，涵盖多个学科门类，如文学、理学、工学、经济学等。而菏泽医学专科学校则专注于医学领域的教育与研究，为地方医疗卫生事业培养了大量专业人才。这两所大学都为菏泽市乃至山东省的高等教育做出了重要贡献，为学生提供了良好的学习环境和丰富的教育资源。