南京市栖霞区共有5所高级中学，包括燕子矶中学、栖霞中学、远景全人实验学校等。

其中，南京市栖霞中学是一所全日制普通高级中学，也是江苏省四星级普通高级中学，始建于1923年，校址位于金陵东郊的栖霞山麓。此外，南京外国语学校仙林分校也位于该区，这是由南京市政府和南京市教育局于2002年决策创建的，是南京外国语学校控股的新型民办寄宿学校。