在日本，无论是民办还是公办的本科学历，都被视为同等学历。

因此，民办本科毕业生完全可以申请日本的研究生课程。不过，需要注意的是，日本的研究生入学要求较高，除了学历要求外，还需要具备一定的日语能力（通常需要N2或N1水平）以及良好的专业背景和研究计划书。建议提前规划，提升语言能力和专业知识，以便更好地应对申请过程中的挑战。