最大的区别是：一、经费和学费不同民办本科院校的办学经费，主要是靠社会组织或个人的出资、其他组织和个人的捐助、收取学生的学费。

这是民办本科院校与公办本科最根本的区别。民办院校收取学生的学费，是学校办学经费的主要来源，所以，民办院校的学费一般比较高，入学后的住宿费什么的，也比较高。目前我我国民办本科院校中，学费最低的是每人每年10000元，学费高的达到十几万元每人每年。公办本科院校的办学经费，主要是财政性资金的投入和收取学生的学费。其中财政性资金是主要来源，收取的学费只是辅助。公办本科院校的学费，少的不到每人每年4000元，多的每人每年6000多元。

二、办学目的不同教育本来是公益性事业，但是民办本科学校有民间资本的介入，大多数民办院校还摆脱不了资本的固有属性，所以对于大多数民办院校来说，赢利是他们办学的目的之一。公办学校，所需要资金主要由国家投入，本质上是国家职能实现的一种方式，虽然也收取学费，但是公办院校不以赢利为目的。

三、教学设施不同民办本科院校的资金来源有限，在基础设施的建设与维护方面，投入不会太多，所以教学所需的设施设备，相对来说不会太完善。公办院校有国家财政做保障，在国家重点建设的院校中，学校的基础设施设备相对比较完善。

四、管理体制不同民办本科院校一般由出资方组建专门机构对学科进行管理，如学校的董事会，管理委员会之类的机构。公办本科院校由相关的国家机关委派相关人员进行管理，组建党委，在党的统一领导下开展工作。

五、师资力量不同民办院校的教师，本质上与为企业打工的员工相同，是教师与学校之间是劳务关系，教师队伍的稳定性不够强，教师队伍的发展也得不到可靠的保障。公办院校的教师，是国家事业单位编制干部，在工资待遇福利等方面有可靠的保障，也有比较完整的人事管理制度，教师队伍相对稳定，也能够长期发展。

六、社会认可度不同国家承认民办本科院校毕业生的本科学历，但是在社会中对民办本科院校的认可度并不高