蓬莱区境内有两所大学，分别是济南大学泉城学院、烟台幼儿师范高等专科学校。

济南大学泉城学院，于2005年经国家教育部和山东省人民政府正式批准，由济南大学按照新机制，新模式举办的实施本科层次高等教育综合性独立学院，并具有学士学位授予权。学校规划占地1816亩，校舍面积20万平方米。烟台幼儿师范高等专科学校，是山东省仅有的3所幼儿师范高等专科学校之一。

2011年5月，原莱阳师范学校和蓬莱师范学校合并成立鲁东大学初等教育学院。

2020年3月，经山东省人民政府批准，在此基础上设立烟台幼儿师范高等专科学校。