1、新老不同。仙林校区是新校区；鼓楼校区是老校区。

2、居住学生不同。本科1-3年级都会入住仙林校区；鼓楼校区负责研究生和部分高年级本科生。

3、地理位置不同。仙林在地铁2号线南京大学仙林校区站。鼓楼校区在地铁1号线鼓楼（靠近教学区）和珠江路站（靠近宿舍区）。

4.浦口校区是南大投资的民办三本院校，于南京大学本身没有关系。南大在考虑纵向搬迁，目前积极筹备把一些系整体搬迁到仙林。远期规划是全部搬迁到仙林，以仙林为主校区。