主要区别是，性质不同、资金来源不同、举办者不同，具体如下：一、性质不同1、民办学校民办学校是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。

2、公办学校公办学校，主要是指由国家政府部门举办的学校。

二、资金来源不同1、民办学校资金来源，有个人自筹资金、个人智力投入（无资金投入）、个人和企业的投资、集资或入股以及捐资等。对于一个特定的民办学校来说，资金来源并不完全是单一的，可以是个人、集体、企业资金的混合。同时，非财政性经费并不排除国有资产的注入。

2、公办学校政府财政拨款。

三、举办者不同1、民办学校民办学校的举办者主要有公民个人、私营企业和个体工商户、集体经济组织、国有企业、事业单位和社会团体等。

2、公办学校国家政府部门。