辽宁高考539分可以上部分普通本科大学。

1. 因为辽宁大学的文科类本科生最低录取分数线为550分左右，理科类本科生最低录取分数线也在550分左右，因此该分数无法达到辽宁大学的录取分数线，说明无法进入辽宁大学。

2. 然而还有很多其他的大学，比如辽宁师范大学、沈阳师范大学、辽宁工程技术大学等，它们的录取分数线要求相对较低，因此辽宁高考539分可以考虑到这些高校申请。但是具体的录取结果还要看个人的专业和其他方面情况。