4个校区云南农业大学共有校本部、五华校区、普洱校区和西双版纳校区四个校区。

校本部位于昆明市盘龙区沣源路452号，五华校区位于昆明市五华区滇缅大道2515号，普洱校区位于普洱市思茅区倚象镇帝泊洱大道，西双版纳校区位于西双版纳傣族自治州景洪市三叶路1号。