1、成立时间不同：嘉兴学院成立于2000年3月；嘉兴学院南湖学院成立于2003年。

2、类别不同：嘉兴学院属于公立大学；而嘉兴学院南湖学院属于独立学院，且南湖学院是嘉兴学院下的独立学院。

3、主要院系不同：嘉兴学院主要院系有商学院、数理与信息工程学院等；嘉兴学院南湖学院主要院系有化纺系、机建系、人文系、商学系、数理系、医学系等。