南京排名第一的大学是南京大学。

南京大学，原属于民国时期的国立中央大学，曾经的亚洲第一学府，后1949年解放，为了教育的需要，国立中央大学划分出中国很多综合实力强劲的大学，南京大学就是其中之一。南京大学属于985高校，是江苏省排名最高的985高校，基本在全国排名也是前十的存在，可以说实力强劲。作为南京市两所985高校之一，南京大学在南京的大学里排名是妥妥的第一。