上海高本贯通与本科的主要区别在于升学方式和学历层次。

高本贯通培养是指学生入校后，先和专科段学生一样学习三年专科相关专业知识，在专科三年级时参加3+2升本考试，考试合格后才可以进入对口的本科院校完成剩余两年的本科学习，毕业后可获得本科毕业证书和学士学位证书。而本科教育则重于理论上的专业化通识教育，学生正常毕业后一般可获本科毕业证书和学士学位证书。因此，高本贯通培养侧重的专业知识的教育，而本科教育则侧重理论知识。