奎屯有这两所大学：伊犁师范大学（北校区）和新疆兵团农七师行政学院。

奎屯市地处天山北坡山前冲积扇缘地带，海拔在450～530米。境内无山峦及高峰。地势西南高，东北低，地形自西南向东北倾斜。它南距天山山脉约50公里，西距奎屯河约8公里。地势西南高、东北低，南北由海拔610米降至320米，东西由海拔610米降至460米，地面由南北纵坡降为10-30‰，西东纵坡为3-5‰。奎屯市地处天山地槽构造带北部，山前凹陷区准噶尔盆地南沿，构造运动受华力西、燕山和喜马拉雅山乃至新构造运动的影响强烈。在地层上属北天山华力西褶皱带，地质构造复杂，地层发育变化大。