河南工业大学生物工程系现有生物工程（设发酵工程、生物制药两个专业方向）、生物技术、动物科学（设动物营养与饲料工程、动物源性食品工程两个专业方向）三个本科专业。

每个专业及方向学习内容不一样。其中，生物工程专业开设的主要课程有有机化学、生物化学、微生物学、分子生物学、化工原理、微生物工程工艺学原理、生化工程、生物工程设备、生物工厂设计等。发酵工程专业方向还开设有生物工业分析、生物工业三废处理、酶工程等课程；生物制药专业方向还开设有药物化学、生物制药工艺学、药剂学、药理学、毒理学、药政法规等，主要培养能在生物工程领域从事生物细胞培养与选育、工艺设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的高级工程技术人才。