是一本。

南京农业大学工学院是南京农业大学的二级学院，只是不在南农的孝陵卫本部而是在浦口校区。南京农业大学是中华人民共和国教育部直属全国重点大学，是211高校、985工程优势学科创新平台重点建设高校，更是双一流学科建设和学校建设高校高校，自然是属于一本院校。