在重庆上大学申请困难补助通常需要按照以下步骤进行：

1. 准备材料：首先，准备好需要申请困难补助的相关证明材料，如低收入证明、贫困户证明、家庭经济困难证明等。

2. 咨询学校相关部门：前往所就读的大学的学生处或经济资助办公室，咨询申请困难补助的详细流程和所需材料，了解申请时间和申请方式。

3. 填写申请表格：根据学校要求，填写申请困难补助的表格，如个人基本信息、家庭经济状况、收入支出情况等。

4. 提交申请材料：将填写完整的申请表格和相关证明材料准备齐全后，按照学校要求的方式提交给相关部门，一般会有具体的申请办事窗口。

5. 等待审核和通知：学校会对申请材料进行审核，并在一定时间内通知你是否通过申请。如果有需要补充材料或其他相关通知，一定要及时和学校相关部门联系。

6. 批准和发放：如果申请通过，学校将给予一定的困难补助和支持。具体的补助形式可能包括资金补助、减免学费、提供奖学金等，学校会根据个人情况和政策规定来确定具体的补助额度。重庆的具体申请流程可能会因学校而有所不同，建议提前咨询学校相关部门，并仔细阅读学校的通知和规定，以确保申请流程顺利进行。