两个，北京一个，台北一个。

北京的清华大学，不用多说，中国乃至亚洲最好的大学之一。世界排名第16位。台北的清华大学，又名“国立”清华大学 ，也是台湾顶尖大学之一，其前身为1911年在北京设立的清华学堂，1925年设大学部。日抗战期间，西迁至昆明，与国立北京大学、私立南开大学合组国立西南联合大学。国共内战后，清华大学被分成两个，北京的清华大学由中华人民共和国政府接管，1955年于台湾省新竹市让清华大学复校。台北清华大学在世界排名173位。