南通卫生分院是公办医院。

1. 根据最新的信息，南通卫生分院是南通市卫生健康委员会直属的公立三级乙等综合医院，不是民办医院。

2. 公办医院相对于民办医院来说，在投入、职称晋升等方面更有优势，有更为丰富的医疗资源和更高的医疗水平。因此，南通卫生分院的医疗服务和治疗效果应该更有保障。

3. 当然，不同的医院或不同的科室，其医疗技术和医疗水平也可能有差异，需要根据具体情况进行评估和选择。