在上海开设食品加工厂需要办理以下证件和手续：

1. 注册商标：首先需要选择并注册一个独特的商标，用于区别其他食品加工企业的品牌。

2. 工商登记：在当地工商行政管理部门办理企业注册登记手续，包括名称预先核准、提交注册材料、办理营业执照等。

3. 食品生产许可：根据《食品安全法》的相关规定，进行食品生产许可申请。需要提供相应的申请表格、生产工艺流程、设备布局图等材料，经专业的监管机构审核后发放。

4. 卫生许可证：在当地卫生监督部门申请卫生许可证，需要符合卫生标准和要求。需要提供厂房平面图、生产工艺流程图、卫生设施等相关信息。

5. 税务登记：在当地税务机关进行税务登记，获得税务登记证。

6. 劳动用工注册：根据人力资源和社会保障部门的规定，进行劳动用工注册手续，包括法定劳动合同的签订、社会保险和公积金的办理等。

7. 防火、环保审查：根据相关法律法规要求，进行防火和环保审查，确保厂房和设备符合相关的安全、环保要求。8. 安全生产许可证：根据国家安全生产监管部门要求，进行安全生产许可证申请，包括生产设备、安全设施等方面的审核。请注意，具体的申请流程和所需材料可能会因地区和实际情况而有所不同，建议在具体办理之前咨询当地有关部门或寻求专业服务机构的帮助。