专业平行志愿的投档原则是“分数优先、遵循志愿、一轮投档”，按照考生投档排序位次进行投档。

1、“分数优先”是指：专业平行志愿投档排序过程中，是对同一批次、同一类别考生从高分到低分逐个进行投档排序。其中同一类别是指：以普通类考生为例，分为物理和历史两个类别，首选科目相同的即为同一类别。

2、“遵循志愿”是指：在专业平行志愿投档检索过程中，对每一个考生是按照其所填的志愿顺序进行检索的。如普通类(历史)考生，若其填报了96个专业平行志愿，遵循其1；2；3，…，96的志愿顺序依次检索，一旦出现满足条件的志愿，则后续志愿不再进行检索，所以对考生来说专业平行志愿仍然有先后之分。而对于招生院校来说是没有先后之分的，不管考生是第1个、第60个或者说是第96个志愿投档到该招生院校，系统对招生院校显示均为“1志愿”。

3、“一轮投档”是指同一考生在同一轮次投档中，只能有一次投档机会，不会投档到多个院校。也就是说考生档案一旦投出，后续志愿将不再被检索。如普通类(历史)考生，若其填报的96个专业平行志愿均不满足条件而未被投档，或投档后被退档，则该考生只能参加征集志愿或下一批次录取。